西藏自治区妇女联合会实行地方组织和团体会员相结合的组织制度，按照西藏自治区的行政区划建立地方各级组织。自治区妇联和各级妇联领导机构，由全区和地方各级妇女代表大会选举产生。机关和事业单位建立妇女委员会，厂矿企业的基层工会女职工委员会及其以上各级工会女职工委员会均是妇女联合会的团体会员。其他在民政部门注册登记的地方性的妇女团体，各行业妇女自愿组织的为社会、妇女服务的协会、联谊会、宗教团体和其他群众团体的妇女组织，自愿申请，经西藏自治区妇女联合会同意，可作为团体会员。西藏自治区妇女联合会已拥有比较健全的基层组织网络：全区党政机关、事业单位中建立了3590个妇委会（妇代小组），693个乡（镇、办事处）建立了妇联组织；配备妇联干部1003人；6255个村和居委会成立了妇女代表委员会，配备干部6417人。

西藏自治区妇女联合会的最高权力机构是西藏自治区妇女代表大会，每五年召开一次。西藏自治区妇女代表大会的职权是：讨论决定西藏自治区的妇女工作任务；审议批准西藏自治区妇女联合会执行委员会的工作报告；选举西藏自治区妇女联合会执行委员会。执委会每年召开一次。西藏自治区妇联内设5个部室（县处级）即：办公室、组宣部、权益部、城乡部和培训中心。自治区妇女联合会中虚设机构有政府妇女儿童工作委员会办公室、“五好文明”家庭创建活动协调领导小组、农牧区妇女“双学双比”活动领导小组办公室、城镇妇女“巾帼建功”活动领导小组办公室和“大地之爱·母亲水窖”项目领导小组办公室，负责协调推动政府及有关部门发展西藏妇女儿童事业。各地（市）妇联也设立了相应的组织机构。