科研管理部：负责国家及地方各类科研项目的申报，公共技术平台的建设和日常管理，协助科研业务部门进行实验室建设。

项目发展部：开展与业界合作，负责促进技术项目成果转化。

人力资源及行政部：负责深圳研究院的人力资源及行政管理工作。

财务部：负责深圳研究院的财务管理工作。

物业管理部：负责深圳研究院的物业管理工作，管理大楼租赁，协调物业管理。