2007年5月，在深圳市支持下，香港中文大学在深圳设立香港中文大学深圳研究院（简称“深研院”）。

2008年，获深圳虚拟大学园“引进研发机构奖”。

2009年，香港中文大学深圳研究院大楼举行动土典礼。

2011年11月17日，香港中文大学深圳研究院大楼正式落成启用，并举行开幕典礼。主礼嘉宾包括全国人大常委会原副委员长成思危教授、全国政协科教文卫体委主任兼原国家科技部部长徐冠华院士、深圳市副市长张文先生、香港特别行政区政府创新科技署署长王荣珍女士、校董会主席郑海泉博士、校长沈祖尧教授，以及深圳市企业家协会会长刘应力教授。同年，首批获批深圳市“孔雀计划”资助，建设农业生物技术创新团队。

2012年，香港中文大学深圳研究院举行全面启动仪式；获得深圳市技术转移机构资质；开始筹建国家重点实验室深圳研究基地、深圳市重点实验室、深圳市工程实验室等科研平台。

2014年，香港中文大学深圳研究院李伟波楼命名典礼举行；获深圳市科技创新委员会授予2013年度“优秀研究院”称号。

2017年，香港中文大学深圳研究院被认定为“广东省新型研发机构”。

2018年，香港中文大学深圳研究院众创中心正式开幕启用；获深圳市科技创新委员会授予2017年度“优秀研究院”称号。

2019年，获深圳市人力资源和社会保障局认定为“深圳市创业孵化基地”；成为“深圳高新技术产业园区科技资源支撑型特色载体”支持机构；获深圳市科技创新委员会授予2018年度“优秀研究院”称号。

2020年，获深圳市科技创新委员会认定为“深圳市众创空间”；成为科学技术部火炬高技术产业开发中心备案的“国家众创空间”；成为“百城百园”科技创新创业机构；获深圳市科技创新委员会授予2019年度“优秀研究院”称号；获科技部批准作为申报人类遗传资源过境香港的试点单位。

2021年，获广东省科学技术厅认定为“广东省众创空间”；获第十三届中国深圳创新创业大赛“优秀组织单位”称号；获深圳市科技创新委员会授予2020年度“优秀研究院”称号。

2022年，获得享受“十四五”期间支持科技创新进口税收政策资质；获得深圳市人力资源和社会保障局“深圳市港澳青年创新创业基地”认证。

2023年，成为第十四届“深创赛”获奖赛区。