1952年，交通大学建立马列主义教研室。

1956年，马列主义教研室随校第一批迁至西安新校址。

1959年，学校定名西安交通大学后，马列主义教研室下设社会主义、政治经济学、哲学、自然辩证法等教研组。

1978年，学校举办本科类马列主义师资班，涵盖哲学、中共党史、政治经济学等3个专业，随后相继举办马列主义理论专修班、哲学和政治经济学助教进修班，是当时教育部在西部高校中唯一布点学校。

1981年，马列主义教研室改为社会科学课程部，下设中共党史、政治经济学、哲学、中国语文等教研室和自然辩证法研究室。

1983年，建立科技哲学（自然辩证法）硕士点，设立思想政治第二学士学位班。

1984年，社会科学课程部更名为社会科学系，下设中国革命史、哲学、政治经济学、语文、艺术等5个教研室和自然辩证法研究室；建立中共党史硕士点；设立思想政治教育专业，是全国首批12所高校之一、西部地区唯一一所。

1985年，建立马克思主义哲学硕士点。

1988年，马列主义理论专业开始招收硕士研究生；开办“中国特色社会主义建设”本科专业，设立政治学教研室。

1990年，建立社会主义建设、思想政治教育硕士点。

1992年，举办思想政治教育专业。

1994年，在原有社会科学系基础上，西安交通大学人文社会科学学院正式成立。

1999年，马克思主义理论与思想政治教育专业学位班（简称“两课班”）开始招生，至2006年，共培养毕业生200余人，是教育部在西北唯一布点的“两课”教师硕士学位培养基地。

2000年，原西安医科大学、陕西财经学院与西安交通大学合并，两校部分人文社科专业合并至西安交通大学人文社会科学学院。

2003年，获批设立马克思主义理论与思想政治教育博士点。

2006年，成为全国首批21个马克思主义理论一级学科博士授权点之一；连续四年举办高校辅导员硕士学位班，面向全国招生。

2009年，成立马克思主义学院，设立马克思主义理论博士后流动站。

2015年4月，学院独立设置；成立“大学生思想教育与实践研究中心”；西安交通大学与陕西省委政策研究室、陕西省委党校、陕西省人民政府研究室、陕西省社会科学院、陕西省社会科学界联合会签约共建马克思主义中国化研究协同创新中心；恢复思想政治教育本科专业招生（c9高校唯一），设立中共党史和马克思主义政治经济学两个二级学科硕士点。

2016年，在教育部第四轮学科评估中，马克思主义理论学科获得a-。

2017年3月，入选第二批全国重点马克思主义学院。

2018年，举办马克思主义理论本科专业。

2019年9月，依托马克思主义学院建立马克思主义与治国理政研究院；同年，博士后流动站获评全国优秀。

2020年，思想政治教育本科专业获批国家一流本科专业。

2021年4月11日，挂牌首批全国数字马院区域示范中心。