西安交通大学医学部法医学教学与鉴定最先由中国现代法医学奠基人林几在国立北平大学医学院开展；学校迁陕后由林几教授在西安临时大学、国立西北联合大学医学院继续主持，其在陕事迹尚不可考；国立西北联合大学解散后林几教授前往中央大学医学院（后改名南京大学医学院）执教，西北医学院法医学先后由毛鸿志、李佩琳教授兼代。

1953年7月，法医学家胡炳蔚、刘明俊夫妇来到学校创建法医学科，完成了学校法医学教育体系的初步建设，最初隶属于病理解剖学教研室。

1962年，成立法医教研组，由胡炳蔚教授担任组长。

1982年，成立法医学教研室。

1983年7月，根据教育部、公安部、卫生部、司法部、最高人民法院、最高人民检察院关于全国高等法医专业教育座谈会精神，学校设立法医学专业，是中国国内最早创建法医学本科专业的6个单位之一，同年设立硕士点。

1985年2月，建立法医学系，由胡炳蔚教授担任主任；9月开始招收法医学专业本科学生；同年，教育部向各医学院校发出增设法医学必修课的决定，此后法医学专业成为法医学硕士、博士学位授权点，并一直担任着法医学的教学、科研、对外法医鉴定服务以及全国法医干部培训工作。

1996年，在教育部、公安部、卫生部、最高人民法院、最高人民检察院的支持下，学校成立了中国首家法医学院，同时在全国公安、法院、检察系统中率先建立12个法医学教学基地，成立全国法医干部培训中心。

1997年，学校法医学科被批准为陕西省重点建设学科，建立法医学陕西省重点实验室和法医学博士点。

1999年，建立卫生部法医学重点实验室（与公安部、最高人民法院、最高人民检察院联合共建）。

2000年，被批准为法医学项目博士后流动站。

2001年，经教育部批准，建立首个法医学国家重点学科。

2002年，被陕西省司法厅批准为西安交通大学法医学司法鉴定中心。

2009年，法医学被评为国家级精品课程、陕西省优秀教学团队、陕西省法医学特色专业。

2015年，获批陕西省引智示范基地。

2017年，设立生物证据研究院。