2001年，温州医学院成立温州医学院药学院。药学专业设立并开始首届招生。药理学硕士点随药理教研室划归药学院，以药学院名义开始招收第一届硕士研究生。

2003年，温州医学院成立药学实验中心。

2004年，温州医学院成立分析测试中心。中药学专业开始招生。成立执业药师继续教育中心，成为浙江省执业药师继续教育施教机构之一，具备了执业药师继续教育学分授予权，举办首期“执业药师继续教育”班。

2005年，国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地揭牌成立。

2006年，中药学一级硕士点获得批准，并招收首届中药学硕士研究生。

2007年，分析测试中心评为省级实验教学示范中心。

2008年，药学专业被评为浙江省重点专业。制药工程专业（生物制药方向）获批并首届招生。

2010年，药学专业被评为国家特色专业。药学一级学科硕士点获批。浙江省生物技术制药工程重点实验室顺利通过验收。药学实验教学中心被评为省级实验教学示范中心。

2011年，中药学专业学位点获批。开展建院十周年院庆。生物技术制药重点实验室被评为浙江省重点实验室。

2012年，临床药学新专业获批并首届招生。药学专业被评为浙江省“十二五”优势专业。浙江省基础课（分析测试）实验教学示范中心通过浙江省教育厅验收。浙江省药理学与生化药学重中之重学科建设（2009-2012）通过验收。成立由温州医科大学药学院牵头的“生物医药与创伤治疗”学组筹备组。药学院主导的产业平台温医实训大药房正式开业。

2013年，温州医学院药学院改名为温州医科大学药学院。温州医科大学与美国路易斯维尔大学就联合培养博士研究生签署了框架性合作协议。

2014年，药学获批浙江省重中之重一级学科。药学专业学位点获批。中华医学会创伤学分会“创伤药物与转化应用学组”正式成立。温医-康乐小分子新药研发中心成立。

2015年，正式招收首届联合培养博士生。开始招收首届药学留学本科生，是中国首个药学留学生的高校。原国家卫计委“重大疾病防治科技行动计划”落户温州医科大学。成立生物医药协同创新中心。成立创伤药物与转化应用学组。

2016年，药学专业接受教育部药学专业认证。制药工程专业调整为生物制药专业。

2017年，中药学专业被评为浙江省“十三五”特色专业。

2018年，获批药学一级学科博士点，药学浙江省重中之重一级学科通过验收。获国家科技进步二等奖、光华工程科技奖。由学院主导的2个一类新药通过药品注册研制现场核查并获得临床批件。成立温州医科大学杭州生物医药研究院、温州医科大学整合医药研究院、乐清生命健康产业园、诸暨生物医药研究院等。

2019年，新增中国工程院院士1人、国家杰青1人、国家“万人计划”科技创新领军人才1人、国家“万人计划”青年拔尖人才1人。获批设立药学一级学科博士后科研流动站。获批首个药学专业博士层次中外合作办学项目。