1999年8月，温州医科大学仁济学院成立，按新型办学模式和运行机制建立的全日制省属本科独立院校。

2006年，温州医科大学仁济学院开始实行家访工作。

2009年，温州医科大学仁济学院开始承担浙江省本科层次农村社区医生（临床医学、中医学、口腔医学、麻醉学、护理学专业）定向培养工作，致力于为区域医疗发展输送基层卫生人才，2012年在浙江省推广。

2015年，温州医科大学获批浙江省教育厅应用型建设试点本科高校。

2017年，温州医科大学仁济学院获批留学生招收资格。

2018年9月，温州医科大学仁济学院滨海校区启用。