1958年，学校建立后的基础医学教研室。

1984年，学校正式成立基础部。

2000年，院系调整，组建基础学院。

2005年9月，正式成立基础医学院。

2011年，获批基础医学硕士学位授权一级学科。

2018年，获批基础医学本科专业和博士学位授权一级学科。

2022年1月，学院肿瘤相关病原与宿主互作研究国际合作基地获批浙江省国际科技合作基地。