1997年7月，温州市实验中学在南浦地区建设学校。

2012年9月，温州市实验中学南浦校区独立办学，更名为温州市南浦实验中学。

2018年8月，温州市南浦实验中学在温州市第十九中学建立分校，成立温州市南浦实验中学教育集团。

2021年4月，温州市南浦实验中学锦江校区成立。

2023年9月，锦江校区成功创建温州市钱学森学校，成为全国第六所，温州第一所钱学森学校。

2024年5月，温州市绣山小学增挂“温州市南浦实验中学附属小学”。