（一）办公室。负责协调和督办机关日常工作。负责机关文电、会务、档案、信息、信访、保密、人事、财务、效能考核、政务公开、机关后勤工作。负责党建、党风廉政建设、宣传思想、意识形态等工作。

（二）公路科。组织拟订公路建设发展规划和年度计划，提出有关专项资金安排建议并监督实施。承担公路建设市场监管工作。拟订公路建设、维护制度并监督实施。指导协调重要干线路网运行监测和公路工程质量监管；组织农村公路工程施工图设计审查批复、施工许可和公路竣工验收工作。指导公路养护和农村公路建设、管理工作。

（三）运输科。承担水路运输、城乡道路运输市场监管工作。落实深化交通运输行业改革的相关政策措施。指导城市客运营运线路、营运车辆、枢纽、运输场站等管理工作。培育壮大交通运输企业及相关服务业，协调组织高效快捷的交通运输流，引导交通运输行业优化结构、协调发展。协调重点物资、紧急客货道路运输。组织协调交通运输行业安全生产监管工作。依法组织或参与有关事故调查处理工作。承担市交通战备办公室日常工作。

（四）法制科。监督检查交通运输行业法律、法规、规章的落实情况，牵头负责机关规范性文件合法性审查、报备、清理等工作。承担交通运输行业行政审批、行政处罚、行政复议、行政应诉等工作。承担依法行政和综合治理工作。督促、检查各县（市、区）治理车辆超限超载工作。监督交通基础设施建设工程的招投标、竣工验收等工作。依法监督检查交通行政执法行为。

（五）地方海事科。负责贯彻执行国家水上交通法律法规，拟订辖区水上交通发展规划并组织实施。负责辖区水上安全监督管理，负责水上水下施工安全管理。负责辖区船舶国籍证书、登记证书、船员适任证书的发放和监督管理。负责水路运输企业经营资质初审。负责辖区内水路运输市场监管。负责水运建设市场管理，监督水运基础设施建设管理。负责运力增建的审核、审批。负责渔船监督管理。负责辖区内海事、水路运输管理业务的统计上报。