1987年1月25日，通什市人民政府正式挂牌，下设政府组成部门31个：市政府办、市计经委、市科委、市财政局、市劳动局、市人事局、市建设委员会、市公安局、市安全局、市司法局、市民委、市民政局、市监察局、市审计局、市物价局、市工商局、市税务局、市标准计量局、市环保局、市土地管理局、市统计局、市商业局、市粮食局、市农业委员会、市林业局、市外经委、市文化局、市教育局、市卫生局、市计划生育委员会、市体育运动委员会。直属事业单位4个：旅游公司、档案局、社会劳动保险公司、房产局。

1995年，机构改革后，市物价局、市土地管理局、市技术监督局、市林业局、市乡镇企业局、市水利局、市粮食局改为二级局。市政府组成部门18个：市政府办（挂外事侨务办、行政复议办牌子）、市计划统计局（挂物价局牌子）、市教育与科学技术局、市民族宗教事务局、市公安局、国家安全局、市民政局、市司法局、市财政局、市人事劳动局（编委办挂靠）、市建设与环境资源局（挂土地管理局牌子）、市工业交通局（挂技术监督局牌子）、市农业局（挂林业局、乡镇企业局、水利局牌子）、市贸易局（挂粮食局牌子）、市文化体育局、市卫生与计划生育局、市审计局、市工商行政管理局。直属事业单位22个：市旅游局、市档案局、市地方志办、市房改办、市保障局、市就业局、市农机局、市房产局、市残联、市粮食局、市计划生育站、市扶贫办、市农技推广中心、市林业局、市水利电力局、市乡镇企业局、市热作中心、市卫生医疗服务中心、市林业公安分局、市环保监测中心、市人民医院、市农村社保办。

2000年11月16日，中共海南省委、海南省人民政府《关于通什市党政机构改革方案的通知》，通什市人民政府设置工作部门19个：政府办公窒设信访局（挂外事侨务办公室、法制办公室牌子。信访室更名为信访局，为政府办公室的内设机构）、发展计划局（内设物价局，挂经济动员办公室牌子）、经济贸易交通局（挂交通战备办公室牌子）、教育与科学技术局、民族宗教事务局（与市委统一战线工作部合署办公）、公安局、监察局（与市纪委机关合署办公）、民政局、司法局、财政局（国有资产管理委员会办公室挂靠财政局）、人事劳动保障局（机构编制委员会办公室挂靠人事劳动保障局）、建设与国土环境资源局（挂人民防空办公室牌子）、农业局（不再挂乡镇企业管理局、水利局、林业局牌子）、文化广电体育局、卫生局、审计局、旅游局、统计局、计划生育局。合署办公机构列入市政府工作机构序列，不计政府机构个数。直属事业单位有20个：市档案局、市地方志办、市房改办、市保障局、市就业局、市农机局、市房产局、市粮食局、市计划生育站、市扶贫办、市农技推广中心、市林业局、市水电局、市乡镇企业局、市热作中心、市卫生医疗服务中心、市林业公安分局、市环保监测中心、市人民医院、市农村社保办。

2001年，根据省委、省政府《关于通什市党政机构改革方案的通知》精神，市委、市政府印发《通什市党政机构改革实施方案》。经调整，市政府工作部门共设17个（监察局与纪律检查委员会机关合署办公，民族宗教事务局与市委统一战线工作部合署办公，列入政府工作部门序列，不计政府机构个数）。保留市政府办公室（挂外事侨务办公室、法制办公室牌子；信访室更名为信访局，为政府办公室的内设机构）；不再保留计划统计局，组建发展计划局（内设物价局，挂经济动员办公室牌子；粮食局改为事业单位，隶属发展计划局）；统计局；不再保留工业交通局、贸易局，组建经济贸易交通局，挂交通战备办公室牌子；保留财政局；国有资产管理委员会办公室挂靠财政局；人事劳动局更名为人事劳动保障局；农村社会养老保险行政职能划入人事劳动保障局；建设与环境资源局更名为建设与国土环境资源局，挂人民防空办公室牌子，不再挂土地管理局牌子；保留农业局，不再挂乡镇企业管理局牌子；文化体育局更名为文化广电体育局，不再保留广播电视局，其行政职能并入文化广电体育局；组建旅游局，列为政府工作部门；水利电力局更名为水利局·和林业局一起由挂牌机构改为隶属市政府的事业单位。保留教育与科学技术局、公安局、民政局、司法局、卫生局、审计局、计划生育局。合署办公机构列入市政府工作机构序列，不计政府机构个数。7月5日，通什市更名为五指山市，市政府组成部门同步更名。

2003年12月2日，五指山市机构编制委员会印发《五指山市政府机构改革工作实施方案》，取消国有资产管理委员会办公室，有关国有资产监督管理的职责由财政局承担；发展计划局更名为发展和改革局；设立商务局和交通局，为政府工作部门，不再保留经济贸易交通局；计划生育局更名为人口和计划生育局；人事劳动保障局加挂安全生产监督管理局的牌子；水利局更名为水务局。

2004年1月，将五指山市计划生育局更名为五指山市人口和计划生育局；9月，将五指山市文化广电体育局更名为五指山市文化广电出版体育局。2005年，撤销建设与国土环境资源局，组建国土环境资源局和城市建设与规划局。2007年1月，将五指山市信访局升格为正科级单位；4月，将市文联升格为正科级单位，与市委宣传部合署办公；11月，给市人民法院增设“行政审判庭”和“审判监督庭”。2008年7月，将五指山市计划生育协会列入群众团体序列；8月，将五指山市国有资产监督管理委员会办公室单列，直属市政府，不再挂靠市财政局；10月，成立五指山市人大常委会选举任免联络工作室。

2009年起，五指山市先后2次进行了机构改革，科学合理设置了政府机构、划分管理权限、明确工作职能、确定人员编制。全市设置政府工作部门23个，另设挂靠机构1个。其中，新建工作部门1个，更名5个，涉及机构调整工作部门3个。当年3月，将五指山市公安局林业公安分局更名为五指山市森林公安局，为市林业局下属副科级公安机构；将五指山市物价检查所定为市物价局下属股级行政单位。8月，成立五指山市人民检察院毛阳检察室，为五指山市人民检察院派驻机构，副科级建制。8月，组建市科学技术和信息产业局，为市政府工作部门，将市教育与科学技术局的科学技术管理职责划入；市人事劳动保障局更名为市人力资源和社会保障局，原挂靠市人事劳动保障局的市机构编制委员会办公室单独设置，仍列市委机构序列；市建设与规划局更名为市住房和城乡建设局；市交通局更名为市交通运输局；市旅游局更名为市旅游发展局；市民族宗教事务局由市委统一战线工作部的合署办公机构调整为市政府工作部门；省五指山食品药品监督管理局更名为市食品药品监督管理局，由省垂直管理机构调整为市政府工作部门，挂靠市卫生局。

2010年5月，将食品药品监督管理局设置为市政府工作部门，不再挂靠市卫生局；给五指山市国土环境资源局加挂“测绘局”牌子；在市人民法院增设五指山市人民法院纪检监察室，副科级建制；8月，增设五指山市人民法院毛阳人民法庭，副科级建制，庭址设在市毛阳镇；将市法院执行庭更名为五指山市人民法院执行局；9月，将市委办内设的督查岗更名为督查室，升格为副科级；11月，将市发展和改革局有关中小企业的工作职能划入市科学技术和信息产业局。