根据上述职责，巫溪县教育委员会设8个内设机构：

（一）办公室

负责综合协调教委机关政务、事务工作；负责起草教委工作计划、总结及有关综合材料；负责会议的组织安排和会议议定事项的督办；负责上级部门及委领导交办的重要事项的督办工作；负责文电、机要、档案、保密、信息、信访、综合治理、宣传、接待、内保、福利及后勤服务等工作；负责基层单位综合档案管理的指导、检查和评估工作; 负责人大代表建议、政协委员提案办理和目标管理考核工作；负责组织编写教育年鉴和教育志。

（二）基础教育科

拟订全县教育事业发展中长期规划，拟订并实施推进义务教育均衡发展和促进教育公平的政策，拟订中小学招生计划并实施监督；统筹协调全县各级各类学校管理体制改革和布局结构调整；负责全县教育基本信息统计工作；指导全县基础教育工作和中小学德育工作；指导协调初中毕业考试、高中招生考试及高中会考工作，核发初中、高中毕业证书，管理学生学籍；指导中小学标准化、示范性学校建设；负责对中小学、幼儿园常规管理；负责组织实施基础教育课程改革；指导全县中小学、幼儿园、特殊教育学校教育教学、教育科研活动；指导中小学教材建设及教材选用等工作。

（三）人事科

负责教育系统机构编制、人员调配、教职工考核晋级、专业技术职务评聘等工作;负责本系统教职工工资、福利及离退休人员管理工作；负责组织特级教师、名师及县级以上先进教师（教育工作者）评选表彰工作; 负责教育人事档案的管理；负责组织实施教师资格制度；办理本系统人员病事假审批、送批及人事来信来访工作;指导中小学教师继续教育和教师队伍建设;组织实施教师支教工作。

（四）计划财务基建科（教育后勤管理中心、教育资助中心）

负责全县中小学、幼儿园基建后勤管理及教育资助工作。牵头组织教育基本建设设计和立项工作，审查中小学校园总体规划、基建项目及投资规模，安排教育基本建设项目资金并对建设进度质量进行监督；编制年度教育经费预决算，监测全县教育经费投入和执行情况；管理指导中小学财务和编报各类统计报表工作；实行会计集中核算制度；组织教育内部审计工作；落实义务教育经费保障机制改革政策；负责中小学国有资产管理，安排直属单位事业费、专项经费、房改经费等；负责全县勤工俭学工作；负责教育救灾和学生资助工作；会同县级有关部门落实中小学公用经费。

（五）法制安全科

负责教育系统的安全稳定工作；负责对教委重大决策提供法律依据和意见；负责开展法律宣传教育、承办教委主任授权的教育行政复议和诉讼工作；负责全县中小学综合治理和治安保卫工作，协调学校周边秩序和校园治安，牵头查处学校各类刑事、治安案件，负责协调处理教育系统突发事件，调处学校内部纠纷；负责处理影响教育系统安全稳定的信访事件；负责指导教育系统建立学生意外伤害保障机制和学校安全防范体系；负责教育系统安全稳定的督查和考核评估工作。

（六）职业教育与成人教育科（社会力量办学管理办公室、语言文字管理办公室）

负责全县职业教育、成人教育、中等职业学历教育、成人文化技术教育、扫盲教育、社区教育的管理指导工作；制订职业教育教学指导性文件，指导职业学校学生专业技能和水平考核工作，对职业教育进行评估，组织职业教育教学改革以及教材建设，负责职教高中阶段学历文凭及有关证书发放工作，指导相关教育教学改革和基础能力实训基地建设；负责各级各类民办教育审批、管理和指导工作，指导、协调有关民办教育的法人登记、中介服务等工作；负责全县语言文字工作，组织实施国家语言文字工作的法律法规；监督检查语言文字的应用情况；推进语言文字改革、语言文字规范化建设和语言文字信息处理工作；组织推行《汉语拼音方案》，推广普通话，负责普通话培训、测试和发证工作。

（七）督导室（县人民政府教育督导室）

负责全县教育督导工作；对县人民政府有关部门、乡（镇）人民政府依法履行教育职责的情况进行监督、检查和指导；对义务教育工作执行法律法规情况、教育教学质量以及义务教育均衡发展状况等进行督导；组织对全县中等及中等以下教育、扫除青壮年文盲的督导评估和检查验收；组织开展全县基础教育发展水平和质量监测；发布教育督导报告。

（八）体卫艺科

承担学校体育、卫生和艺术教育管理指导工作；指导中小学体育教学、体育运动队训练、艺术教育、课外文娱艺术活动；指导学校举办体育运动会；组织县级体育竞赛和艺术展演活动；督查学校健康教育和传染病防治工作，负责学校食堂管理指导工作，组织对学生进行体质健康检查；指导学校体育、卫生及艺术教育设施建设及器具配备；协同有关部门做好学校国防教育和军训工作。

此外，党工委办公室负责机关党群工作、指导所属单位党建和群团工作、负责教育系统的纪检、监察工作。