（一）办公室。组织协调机关日常工作，负责重要会议组织、重要文件起草；负责文秘、宣传、政务公开、机要、保密、档案、值班、信访稳定、卫生健康、目标管理、办公自动化、机关节能减排、信息化建设管理、交通扶贫、公务接待、机关文化建设、机关后勤服务、建议提案办理、重要事项督察督办工作；负责统筹协调行业合作交流工作。

（二）组织人事科。负责党建工作；负责机关并指导局属单位意识形态、精神文明建设、党风廉政建设、人才队伍建设、统战、群团工作；负责机关并指导局属单位干部人事、劳动工资、机构编制、职称评聘、退休人员服务管理；指导基层党组织建设、班子建设和党员管理；指导交通运输行业职工培训教育。

（三）财务审计科。指导建立健全交通系统财务管理办法及专项资金管理办法，监督各项财务制度及政策的贯彻执行；负责拟定交通经费、专项资金计划，安排交通运输行业资金拨付；指导交通建设投融资管理；负责单位预决算编制、执行以及税务、非税等财务管理；负责政府采购；负责机关和局属事业单位国有资产管理；指导局属单位预决算编制、会计核算等财务管理相关工作；参与实施并监督机关和局属单位内部审计及其他专项审计。

（四）综合规划科（铁路民航港航管理科）。拟订全区综合交通运输发展战略和政策；会同有关部门组织编制综合交通运输体系规划和公路、铁路、民航发展中长期规划；组织编制公路、铁路、民航机场、枢纽站场等专项规划；负责交通重点项目的方案报批和可行性研究报告行业评审及相关专题论证报告审查；提出全区公路、铁路、民航等公共基础设施投资方向和规模，根据管委会规定权限编制年度计划规模内公共基础设施投资项目，并报相关部门审批；负责交通项目建设的前期工作和后期评估；牵头负责交通运输行业统计和经济运行分析；负责对邮政部门提出的邮政行业发展战略和规划进行衔接平衡；负责统筹行业招商引资；负责权限范围内铁路、民航、渔船管理。

（五）建设管理科。负责权限范围内的交通建设市场监管；负责拟定全区交通基础建设的政策、制度和技术标准并监督实施；对全区交通建设项目的工程造价、质量等进行管理；组织或参与区内交通工程质量安全事故的调查、仲裁和处理；负责地方交通工程变更、计量审核、竣（交）工验收等工程建设管理和工程档案管理；负责全区交通建设从业单位、从业人员的信用评价和统计；负责生态环境保护和节能减排等工作；会同有关部门推进交通运输行业科技进步，推广新技术、新工艺和新材料在交通运输行业的应用。

（六）养护管理科（农村公路管理办公室）。负责全区公路养护相关政策、制度起草并监督实施；负责编制全区国、省、县道公路的年度养护计划以及预防、修复、应急等专项养护计划并监督实施；负责监督全区普通公路及公路桥隧管养；负责列养公路养护管理、防洪抢险的组织协调和公路绿化工作；负责全区公路养护从业单位、从业人员的信用评价和统计工作；负责全区公路养护市场监管；监督指导全区乡、村公路的养护、管理和公路防灾抢险应急处置；负责全区乡村公路的考核、培训、统计等工作。

（七）行政审批科（政策法规科）。负责公路路政、道路运政、交通工程建设等交通领域行政审批工作，指导镇开展乡、村公路行政审批工作；负责交通行业的政策研究、规范性文件的合法性审查；负责行政复议、行政诉讼、行政执法委托等工作；负责法制宣传、教育、培训工作；负责交通行政执法队伍的监督管理；负责交通行政执法的指导和监督；负责行政执法证件审核、办理；负责平安综治工作。

（八）安全监督科（综合运输科）。负责交通行业安全生产综合监督管理和指导，协助有关部门对全区交通行业安全事故的调查处理；指导区内交通行业应急预案体系与应急体制、机制建设、安全教育培训、职业病防治等工作；协调区内交通突发公共事件的应急管理和处置；贯彻执行国家运输政策和规定，协调全区综合运输行业管理；负责交通战备工作。