医院前身是始创于1866年的“汉口仁济医院”，寓意“仁爱济世”。1928年，迁至现址联合办院，更名“汉口协和医院”（union hospital）。新中国成立后，医院收归国有，随着上海同济大学医学院内迁武汉并与武汉大学医学院合并，成为新组建医学院校的教学医院、附属医院。2000年，随同同济医科大学组建华中科技大学，更名为华中科技大学同济医学院附属协和医院。

医院坚持社会主义办院方向，促进优质医疗资源均衡布局，服务国家战略。现由主院区、肿瘤中心、西院区和金银湖院区组成，编制床位6000张，设49个临床和医技科室。其中，血液科、心血管内科、普通外科、泌尿外科、麻醉科等10个学科为国家重点（培育）学科。心脏大血管外科、整形科、骨科、妇产科、消化内科、内分泌科、胸外科等25个科室入选国家临床重点专科建设项目。省级质控中心挂靠专科15个。临床医学进入esi全球前1‰，入选教育部“双一流”学科。学科综合实力位列复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”全国前十。综合绩效考核稳居a+行列。医院入选全国首批区域医疗中心建设输出单位。

2024年2月28日，华中科技大学附属协和医院宣布，该院成立的罕见病诊疗中心，将为罕见病患者提供可诊可治的“一站式”全生命周期健康护航。

2024年，华中科技大学同济医学院附属协和医院预算收入128亿元。

2025年2月11日，武汉衷华脑机融合科技发展有限公司携华中科技大学同济医学院附属协和医院举行院企联合实验室揭牌仪式。2月，该医院接入deepseek人工智能大模型。3月31日，湖北省中西医结合医院与华中科技大学同济医学院附属协和医院战略协作签约活动举行。4月11日，武汉协和医院与通山县人民医院技术协作续约仪式暨“双百工程”基层行医疗活动，在通山县人民医院门诊楼四楼小会议室隆重举行。4月27日，华中科技大学同济医学院附属协和医院与华中师范大学在华师行政楼隆重举行医联体合作签约仪式暨“合作发展医路前行”专题座谈会，开启校院合作新征程。

2025年7月，华中科技大学同济医学院附属协和医院血液科团队实现用体内嵌合抗原受体t细胞（car-t）疗法治疗多发性骨髓瘤的临床成功，取得血液肿瘤细胞疗法的新进展。这一新疗法采取体内制备car-t的模式，相比传统体外制备car-t疗法，可简化操作、降低成本，有望大幅提升细胞疗法的可及性。7月，武汉协和医院郑昕主任团队与知名生物科技公司合作研发的“发热伴血小板减少综合征病毒定量检测试剂盒”面世。