1、办公室

协助管理局机关日常事务工作，协调各科室的工作关系；负责机关内部规章制度建设和主要文件起草工作；负责文秘档案、政务信息，保密，会议组织、信访工作；负责机关并指导直属单位的人事管理、劳动工资、年度考核等工作；负责工会、青年团、妇女、关工委、文明创建、社会治安综合治理、安全生产等工作。负责机关离退休人员的服务管理工作。

2、水政水资源科

负责组织宣传、贯彻、执行水法律法规工作并监督检查；实施、指导水政监察和水行政执法以及水利工程管理等工作；组织协调处理水事纠纷；实施、指导水资源规划、管理和保护工作；实施取水许可制度和水资源费、河道采砂管理费、水土保持补偿及水土保持防治费等水规费征收工作；负责河道采砂管理监督工作。

3、水利工程科（水土保持办公室）

承办全区水利工程规划、设计、建设管理工作；组织、指导全区河道、湖泊、堤防、灌区、泵站、塘坝等水工程的管理及调度运用；负责水利工程除险加固工程；负责全区计划用水、节约用水、农村安全饮用水、水土保持等工作；负责指导镇水利新科技、新工艺推广工作；负责指导镇水利（水保）站业务工作；负责组织、指导小型水利工程产权制度改革工作。

4、财务科

负责局机关财务代办工作，贯彻实施有关水的价格、财务政策和会计法规；指导全区水利系统财务及国有资产的保值增值；承担局下属单位的财务监督管理工作；负责水利基建项目和需设专户的重点水利项目的财务工作。