根据上述职责，通辽市水务局设8个内设机构：

（一）办公室

（二）计划财务科

（三）科技科

（四）建设与管理科

（五）农牧水利科

（六）水政水资源管理科（市节约用水工作办公室）

（七）供水建设管理科

（八）通辽市防汛抗旱指挥部办公室