作为二级教学单位，墨盾书院是与各学院并行的独立行政管理机构。墨盾书院的学生采取双重管理方式，因而拥有专业学院和书院双重归属属性。从专业学业角度，每个学员隶属其主修学科专业学院，各学院依旧负责学生专业教育。墨盾书院则主要承担学生党建与思想引领、通识教育、学业辅导、学风建设、就业指导与服务、学生事务管理（奖惩助贷补）、心理健康教育等方面的教育管理与服务工作。学院与书院两者相辅相成，书院能够集中优势资源，助力各学院培养出更为优质全面的学生，将会更为高效地促进学生全面发展，不断提升人才培养质量。

在“双院制”的运行管理模式下，墨盾书院创新构建组织机构。

（一）成立“天津体育学院墨盾书院管理委员会”，委员由相关校领导、学工部（学生处、武装部）、 教务处、相关二级学院和墨盾书院领导构成。委员会下设办公室，办公室设在墨盾书院，办公室主任由墨盾书院院长担任。

（二）墨盾书院领导班子成员包括：党组织书记、院长、副书记、副院长，带领书院全体教职员工在学校“书管委”的领导下开展工作，落实各项工作目标。

（三）成立国防体育虚拟教研室，聘请校内外专家、学者、优秀教师，开展国防体育类课程教学、科研和训练等相关工作。

（四）墨盾书院成立党团学组织，以实现学生自我管理、自我教育、自我服务、自我监督为目标，协助书院开展学生教育管理服务工作。