1、办公室。负责机关日常工作协调和督办。负责机关文电、宣传、会务、机要、档案、保密、信访、信息化建设、政务公开等工作;负责机关财务、审计、国有资产管理和后勤保障等工作;负责机关党群和机构编制及人事管理工作。负责民族宗教干部培训工作;负责机关人员因私出国(境)政审和证件管理工作;负责综合文字、公文把关工作;负责机关离退休人员服务管理工作。

2、政策法规处。负责起草民族宗教方面地方性法规、政府规章草案，拟定相关政策措施;组织开展民族团结宣传教育、民族团结进步创建活动;负责协调指导处理涉外及涉港澳台民族宗教方面的问题;承担民族宗教法律、法规实施和政策贯彻执行情况的督促检查工作;承担有关行政复议、行政诉讼和行政调解工作;指导流动少数民族服务管理工作。

3、民族处。参与拟订少数民族和民族乡村经济社会相关领域的发展规划;提出少数民族和民族乡村经济社会发展有关政策建议，协调或配合有关部门处理相关事宜;负责民族乡村经济、社会发展的综合统计和分析;承担参与协调民族乡村对口帮扶、经济技术合作和民族贸易、民族特需商品生产的有关工作;负责办理确定民族成份工作;负责少数民族发展资金等有关专项资金管理工作;参与少数民族和民族乡村扶贫工作;指导少数民族特色村镇建设工作。

4、宗教处。调查研究宗教工作情况并提出政策建议，负责宗教工作重要文稿的起草。拟订宗教政策和地方性法规及规章草案，协调指导各地区各部门贯彻落实宗教工作政策和法律法规及规章。负责佛教、道教、伊斯兰教、天主教、基督教和民间信仰事务管理工作，提出政策建议。

机关党总支。负责机关的党群工作。