1878年至1881年，美国基督教会公理会传教士江戴德在通州城内北后街开设诊疗所。

1882年，美国医师盈亨利在诊疗所的基础上成立医院，命名为“妇婴医院”。

1903年，美国传教士都春甫从上海聘请工程师重建医院并更名为“潞河医院”。

1941年12月25日，将潞河医院改为“通县县立医院”。

1945年1月11日，将通县县立医院改为“燕京道道立医院”。

1951年4月16日，医院由人民政府（河北省卫生厅）接管并更名为“潞河医院人民医院”。

1958年市县合并，通县改为通州区，医院更名为“北京市通州区医院”。

1960年2月，通州区改为通县，医院也随之更名为“通县医院”。

1997年9月28日，因通县改为通州区，通县潞河医院更名为：通州区潞河医院。

2004年2月8日，潞河医院新华联门诊部成立，这是潞河医院推出的第一个社区门诊部及社区卫生服务中心。

2008年11月25日，通州区政府与首都医科大学签订教学医院协议。

2010年7月1日，美国心脏病学院教育基地正式落户医院。

2012年5月，北京市科学技术委员会授予我院成为“糖尿病防治研究北京市重点实验室”的共建单位；首都医科大学授予我院内分泌科为“首都医科大学糖尿病研究所潞河研究室”。

2013年11月被定位三级综合医院。

2025年2月，稀土院天津分院与首都医科大学附属北京潞河医院合作的“稀土先进生物医药与功能材料联合实验室”揭牌成立