山西中医药大学的前身为1978年创办的山西医学院中医大学班。

1982年，国务院批准筹建山西中医学院。

1989年，经原国家教委批准，正式成立山西中医学院。

1999年6月，学校通过了原国家教委本科教学工作合格评价。

2001年，开始招收硕士研究生。

2002年，开始招收留学生。

2007年4月，学校以“良好”的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。

2013年，获批招收港澳台地区本科生。

2014年，学校高水平通过教育部中医学专业认证。

2015年4月27日，学校入选 “卓越医生（中医）教育培养计划改革”试点高校，并承担“中医学五年制本科人才培养模式改革”试点项目1项。

2015年9月11日，山西省人民政府与国家中医药管理局签署共建山西中医学院协议。

2016年12月，广州中医药大学与山西中医学院正式签署“广州中医药大学支持筹建山西中医药大学战略合作协议”。

2017年2月27日，山西省人民政府学位委员会、山西省教育厅正式批准山西中医学院为新增博士学位授予立项建设单位，建设期为3年。

2017年5月10日，教育部正式批准山西中医学院更名为“山西中医药大学”。

2017年5月23日，学校入围教育部中国政府奖学金生委托培养高校。

2022年5月27日，山西中医药大学附属晋中医院挂牌仪式在晋中市中医院举行。

2023年6月30日，山西中医药大学成立妇联组织。8月17日，学校与中国药科大学校际战略合作协议签约仪式在中国药科大学江宁校区会议中心举行。

2024年2月19日—20日，澳大利亚阿德莱德大学科学、工程与技术学院院长david lewis一行来晋参观考察并与山西中医药大学、山西振东制药股份有限公司再次签署合作协议。9月11日，山西中医药大学科学技术协会成立。

2025年5月14日，运城市人民政府与山西中医药大学签署市校合作协议。