1928年，铭贤学校农科畜牧组成立，此乃学院前身。

1940年，成立铭贤农工专科学校时畜牧组改制为农学部畜牧科，设生产、育种和兽医三组。

1943年，成立铭贤学院时，由畜牧科成立畜牧兽医学系，设畜牧和兽医两组。

1951年，山西省人民政府接管铭贤学院，成立山西农学院。

1952年，全国院系调整中，畜牧兽医学系兽医专业整建制并入内蒙古畜牧兽医学院，只留下少数兽医专业教师，更名为畜牧系。

1954年，建立兽医教研组。

1958年，山西省畜牧兽医研究所并入山西农学院畜牧系，联合进行科研和教学工作。

1959年，畜牧系更名为畜牧兽医系。

1962年，朔县畜牧兽医专科学校的部分师生并入山西农学院畜牧兽医系。

1971年，山西农业劳动大学畜牧学科教师并入畜牧兽医系。

1975年，学院抽调部分教师到昔阳（大寨）、雁北和运城三所分院。

1977年，院党委决定撤销学“朝农”时所设专业领导组与综合课题组，恢复畜牧兽医系。

1979年，大寨、运城和雁北三所农学院并回山西农学院，成立山西农业大学，畜牧兽医相关教师返回山西农业大学畜牧兽医系。

1984年，畜牧兽医系一分为二，成立畜牧系、兽医系。

1991年，兽医系更名为动物医学系。

1999年，学校决定动物医学系和动物科学系合并组建动物科技学院。

2019年10月19日，山西省委省政府宣布山西农业大学和山西省农业科学院合署改革，合署后单位名称为“山西农业大学”。

2020年6月，由原山西农业大学动物科技学院兽医学团队、原山西省农业科学院畜牧兽医研究所兽医团队和饲料兽药研究所兽医团队进行整合，成立山西农业大学动物医学学院。