1949年6月6日，赣东北上饶专员公署成立，9月15日设立秘书室，为上饶市政府办公厅前身。

1958年11月15日，专署秘书室改称办公室；

1961年1月12日复称秘书室，由秘书长，正副主任主持工作；

“文化大革命”期间，秘书室改为上饶地区革命委员会办公室，1979年12月被撤销；

1980年1月10日设立上饶行政公署办公室。

2000年10月18日撤销上饶地区，设立地级上饶市，上饶行署办公室改为上饶市政府办公室；

2008年8月26日，上饶市政府办公室改为上饶市政府办公厅，沿用至今。