馆藏图书分为图书类、期刊类、特藏类，至2001年，全馆藏书总量为423377册，包括中医药书籍 15000种、12万册，外文图书8000种、近 2万册。特藏类中医善本书1110部、6200册，主要为木刻本、抄校本、日本刻本、抄本，其中金、元、明刻本 200余部、1500册，某些为国内的孤本、珍本。该图书馆服务对象为在校本科生、研究生、教职工、3 所附属医院的医务人员、10个研究所的科研人员。阅览室共约15万册书刊供读者开架借阅，每年接待读者约 37000人次，其中综合阅览室每周开放72小时，年接待读者 27000人次；流通部 5万册书刊全部开架借阅，年接待读者5800人次，借出图书 12000余册；传统医学资料室年接待读者 2000人次；外文阅览室开架28200多册图书；文艺开架图书28000多册。

该馆数字化网络化建设开始于1996年，现已建成了包括馆内局域网、多媒体电子阅览室、公共查询系统等在内的网络设施，应用“丹诚”图书馆自动化管理系统对图书馆各工作流程实行自动化管理，并建立了该馆网站，提供多种网上服务。拥有用于文献和数据库服务的专业服务器5台，交换机和集线器等网络设备共8台，计算机100台，还有包括micromedia 网络数据库管理更新系统，cd-net access磁盘阵列管理系统，microsoft windows 2000，microsoft windows nt 4·0，“丹诚”图书馆管理系统，“上海高校网络图书馆”互借管理系统等在内的系统集成应用软件。现已通过光纤接口联入中国教育科研网和国际互联网，并实现与“上海高校网络图书馆”的数据共享和馆际互借。