2007年被评为全国卫生系统先进集体。

2009年成为国家教育部长江学者奖励计划特聘教授设岗单位。

2012年在中医院等级复评审中评审成绩位列全国三级中医医院首位。

2015年首次评为第四届全国文明单位。

2016年获上海市五一劳动奖状。

2019年通过国家互联互通标准化成熟度测评五级乙等，刘嘉湘教授荣获全国中医药杰出贡献奖，荣获上海企业创新文化“二十佳创新品牌”称号。

2020年9月，获得”上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体“荣誉称号。

2020年成为上海市首家互联网中医医院，上海支援雷神山医院医疗队荣获中宣部“时代楷模”称号。

2021年首批纳入“辅导类”的中医类国家医学中心创建单位，肖臻院长荣获上海市市长质量奖。

2023年入选上海公立医院党建工作“示范医院”创建单位、上海市公立医院国际医疗旅游试点单位。