小昆山学校现有两个校区，总部校区位于小昆山镇中德路1151号，是一所新建学校，学校占地面积83亩，建筑面积20000多平方米。学校教育教学设施齐全：有三幢教学楼、一幢综合楼、一座体育馆和一座师生食堂；有400米标准塑胶环形跑道和运动场，以及室外篮球场、网球场；有化学、物理、生物、生活与劳动、自然常识、史地、音乐、美术、书法、电脑、图书等实验室（专用教室）。现有一至九年级共37个教学班，1273名学生。

分部校区位于小昆山大港镇（原大港学校旧址），占地面积26亩，建筑面积4400平方米，教学楼、食堂、塑胶运动场等教育教学设施一应俱全。