办公室

负责机关文电、信息、安全保卫、档案管理、保密工作；负责机关日常工作的协调和督查；负责起草会议文件和综合性材料；组织开展重大专题调查研究。

规划财务科

组织编制全市环境保护规划；组织申报中央、省、市级各类环保专项资金项目评审；参与能力建设项目、基本建设项目的组织实施；负责污染治理专项资金项目库管理；承担局机关财务管理和内部审计。

政策法规科

负责环境保护规范性文件的合法性审查；组织实施环境保护行政执法责任制；组织开展环境保护执法监督和检查；负责本机关行政复议委员会、行政处罚委员会的日常工作，组织行政复议、行政处罚听证，审理环境保护行政复议案件，审查环境保护行政处罚决定；负责协调办理人大、政协提案、议案、建议工作。

人事科

负责机关直属机构编制、人事及干部管理工作；承担各县（市）环境保护局领导干部双重管理的有关工作；负责环境保护专业技术人员管理工作；负责机关及直属事业单位工作人员的考核工作。

科技标准科

贯彻执行国家和省环境保护科技政策、地方标准、技术规范；组织环境保护技术工程示范和新型环境问题风险评估；管理环境保护科技成果；组织环境保护技术引进和推广。

环境影响评价科

贯彻实施国家及省建设项目环境管理法规、规章；审批建设项目环境影响评价文件；组织开展规划环境影响评价、政策环境影响评价工作；负责落实区域、流域建设项目环评限批政策的实施；组织开展建设项目施工期的环境监理工作；负责组织权限内审批建设项目竣工环境保护验收。

污染防治科

拟订水、大气、噪声等专项环境功能区划；拟订全市重点区域流域、饮用水水源地、地下水等污染防治规划并监督实施；组织实施跨界河流断面水质考核和跨行政区域联防治污等环境管理制度；指导城镇环境综合整治；监督管理城区土地污染防治工作。

自然生态保护科

负责全市自然生态环境保护工作；组织编制全市自然保护区规划；提出新建的各类市级自然保护区审批建议；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导农村环境综合整治、监督管理农村面源污染防治工作。

宣传教育科

负责全市环境保护知识普及宣传；负责环境保护重大纪念日及其它环境保护公益性活动开展；负责重大环境污染事件环保新闻发布报道；负责全市各类人员环境保护素质教育工作。

生态市建设科

负责组织、综合、协调生态市建设工作；组织编制全市生态保护规划；组织制定生态市建设的年度工作计划及工作目标；对生态县（市）建设及市直有关部门生态市建设任务完成情况进行监督检查；制定生态市建设的相关经济、技术政策；开展生态市建设的对外交流与合作。

环境应急管理科

负责全市的环境安全，编制环境应急预案，牵头组织环境应急演练和风险源的排查工作，制定切实有效的风险控制方案；负责全市环境突发事件的预防、处置和善后工作；对企业的应急设施、应急预案的编制和执行情况进行检查；处置重大突发环境事件时，协调组织环境监察、环境监测和有关专家等方面人员赴现场开展监察、监测和处置工作，视情况提出启动应急预案建议；负责组织信息报送工作，及时联络突发环境事件现场监察人员和有关人员，依据现场监察、监测情况和现场处置情况，向市委、市政府及相关部门报送突发环境事件有关信息，并按规定协助及时对外发布信息。

机动车尾气污染管理科

统一管理全市的机动车排气污染防治工作；制定本市机动车排气污染防治规划、计划、技术规范和措施；会同有关部门对本市机动车排气进行道路检查，对机动车集中停放地进行机动车排气抽检工作，对机动车排气污染进行调查处理；负责本市机动车环保标志的发放和管理；会同有关部门对本市燃料油生产、经销企业燃料油中的环保指标进行检测等。

污染物排放总量控制科

负责拟订污染减排及总量控制计划；负责环境统计和污染源普查；负责市控重点污染源的排污总量核定和排污许可证核发；组织实施污染物减排责任制考核工作。

环境监测科

负责建立环境质量监测管理制度，组织开展环境监测，对全市环境质量状况进行调查评估并预测预警；负责组织编制环境质量报告书和环境状况公报，负责发布环境信息;管理全市环境监测网。

机关党委办公室

负责局机关和所属单位的党群工作。