2012年2月18日至19日全国教育督导工作研讨会对北京市人民政府教育督导室等143个先进集体和中共北京市委教育工委副书记、北京市人民政府教育督导室主任线联平同志等194个先进个人进行了表彰。北京市人民政府教育督导室荣获全国教育督导先进集体。

根据《北京市财政局关于表彰2016年全国行政事业单位国有资产清查工作先进单位的通知》精神，北京市教育委员会在2016年资产清查工作中表现突出，经北京市财政局总结考评，对北京市教育委员会单位进行了通报表彰。

在中国教育学会组织的2017年度全国教育好新闻评选活动中，北京市教育委员会报送的两个新媒体作品荣获“新媒体类一等奖”和“新媒体类二等奖”。

市委教育工委、市教委与四川省教育厅、河南省教育厅以及其他7所部属高校获得“2017年度教育政务新媒体综合力十强”荣誉称号，市委教育工委市教委同时获得“2017年度教育政务新媒体组织奖”。

市教委在教育部发展规划司2018年主办的第二届全国教育统计征文活动中荣获优秀组织奖。

2019年11月，北京市教育委员会政策研究与法制工作处获得“‘七五’普法中期先进集体”称号。

2019年12月，北京教委基教二处获得“2015-2018年全国残疾人体育先进单位”称号。

2021年9月26日，北京市教育委员会基础教育二处荣获全国教材建设先进集体称号。

2022年4月，北京市教育委员会体育卫生与艺术教育处被授予“2022年冬奥会、冬残奥会北京市先进集体”称号。

2024年9月，北京市教育委员会基础教育二处入选“全国民族团结进步模范集体”名单。