2011年1月17日，中华人民共和国教育部下发了《关于批准华东师范大学与美国纽约大学合作筹备设立上海纽约大学的函》，上海纽约大学正式获批筹建。3月，“创新中外合作办学机制，加快推进上海纽约大学建设”作为教育部与上海市共建“国家教育综合改革试验区”的重要内容，被列入上海市政府重点工作。3月28日，上海纽约大学合作协议签约仪式、奠基仪式举行。教育部、上海市领导出席了仪式。

2012年9月22日，教育部下发《教育部关于批准设立上海纽约大学的函》，正式批准华东师范大学与纽约大学合作设立上海纽约大学。10月15日，上海纽约大学举行成立仪式。华东师范大学原校长俞立中任上海纽约大学首任校长，康奈尔大学原校长、北京大学国际法学院创始院长杰弗里·雷蒙任常务副校长，耶鲁大学神经生物学教授汪小京任教务长。

2013年8月11日，上海纽约大学首届本科生报到。8月12日举行入学仪式。

2014年11月27日，上海纽约大学金融波动研究所在上海陆家嘴成立。

2020年11月19日，上海纽约大学应用社会经济研究中心（caser）挂牌成立。

2022年8月，全球健康公平研究中心正式成立。

2023年1月，上海纽约大学整体迁至前滩新校园。