1979年，上海理工大学管理学院前身系统工程系和系统工程研究所成立。同年11月，著名科学家钱学森专程到校考察系统工程本科专业学生培养工作，并在上海机械学院系统工程研究所成立大会上发表讲话。同年12月，学校与美国麻省理工学院斯隆管理学院正式签订校际合作协议，这是改革开放后上海市最早的中外合作办学项目。

1981年，学校与麻省理工学院等美国、加拿大高校合作，开始举办全英文授课mba项目；1983年美国《华尔街日报》发表专题报道，认为“此举开创了中国mba教育的先河”。

1988年，在渊源可追溯到20世纪30年代的沪江大学城中区商学院基础上成立商学院。

1992年5月，系统工程系和系统工程研究所合并成立系统科学与系统工程学院。

1997年，商学院与原上海机械高等专科学校的管理系合并。

1999年5月，更名为管理学院。

2000年，成立信息管理研究所。

2004年，原上海医疗器械高等专科学校管理系划归管理学院。

2005年1月22日，由中国科学院系统科学研究所和上海理工大学合作组建，并由钱学森同志亲自题词命名的“上海系统科学研究院”在学校挂牌。

2006年1月，与商学院、mba教育管理中心重组成立新的管理学院。

2009年，学院获得“管理科学与工程”和“系统分析与集成”两个上海市重点学科。

2015年，学院系统科学学科进入上海市高峰学科，管理科学与工程学科进入上海市高原学科。

2016年，学院获批“十三五”上海民政科研基地。

2018年，上海理工大学管理学院正式通过国际精英商学院协会（aacsb）的国际认证。