自1986年建社以来，已出版各类图书3500余种。一批具有良好社会影响、受到广大读者欢迎和关注的优秀图书，在各类评选中获奖。“现代科学技术博览丛书”和“普林斯顿科学文库” 荣获第三届和第六届国家图书奖提名奖。“名家讲演录”、《系统科学》和“海峡两岸课程与教学研究丛书”先后获得第十二届、第十三届、第十四届中国图书奖。《诺贝尔奖百年鉴》获得全国优秀科普作品奖。《辽西早期被子植物及伴生植物群》获上海市优秀图书特等奖，《暗淡蓝点》获上海市优秀图书一等奖。《肝癌转移复发的基础与临床》和“华夏科学之光丛书”获得上海图书奖一等奖。近年来出版的优秀科普图书达200多种，连续5年在全国“十大科普好书”评选中名列前茅。

1993年以来，上海科技教育出版社连续5次被评为“上海市文明单位”。连续3次被新闻出版署表彰为良好出版社。