石嘴山市审计局内设7个职能科（室）：

办公室

处理局机关日常政务，编制审计工作规划，安排年度审计项目，负责审计业务规范文件的起草、会议的组织、机关文秘、保密、统计、宣传、信息、信访、计划生育工作，管理审计事务经费、车辆、机构编制、人事劳资和党群工作，负责干部理论教育和培训工作。

政策法规科

复核审计报告、审计意见书和审计决定书；检查审计项目质量；办理行政复议和应诉；检查和指导县、区审计执法工作；负责全市审计人员的业务培训工作。

财政金融审计科

负责市级政府财政预算执行情况及其他财政资金的审计监督；负责县、区政府财政决算及其他财政资金的审计监督；负责国有地方金融机构及非银行金融机构的财务收支或资产、负责、损益情况的审计，开展专项审计和审计调查。

固定资产投资审计科

根据有关法律法规和政府规定，负责对市级国家建设项目的预概算执行和竣工决算进行审计；负责市级国有资产投资或融资为主的基本建设、固定资产投资和技术改造项目的审计；实施对国家工程项目形式前或停、缓、建项目复工前的审计监督；对房地产开发、建筑安装施工企业、环保、测绘、勘察、设计、城市公用企事业单位的城建资金财务收支进行审计。

经贸审计科

根据有关法律法规和政府规定，对国有工业、交通、流通企业进行审计，组织对其他市属企业的审计监督和区审计厅授权的区属企业的审计监督，开展专项审计和审计调查。

行政事业审计科

负责审计与财政有拨缴款关系的市党委各部门、人大、政协机关、法院、检察院、市各社会团体、市政府有关部门和所属单位及下属单位的财务收支，负责审计政府主管部门管理和受政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业、下岗职工救济和再就业等社会保险基金的财务收支及各项社会福利、救济救灾、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况，开展专项审计和审计调查。

经济责任审计科

根据国务院《县级以下党政领导干部任期经济责任审计暂行规定》和《国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定》，审计领导干部任职期间的财政、财务收支；审计领导干部任期届满或调任前的经济责任；承办市常委、政府交办的经济责任审计。