1983年，《北京轻工业学院学报》创刊。

1997年，刊期由半年刊变更为季刊。

2001年，更名为《北京工商大学学报（自然科学版）》。

2004年，刊期变更为双月刊。

2012年，更名为《食品科学技术学报》。

2013年11月15日，在《中国知网》学术期刊数字出版平台上开通的“《食品科学技术学报》优先数字出版”系统正式运行。

2014年12月，正式入选国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。