学校前身

北京商学院

北京商学院前身为中央合作事业管理局干部学校、中华全国供销合作总社干部学校、中央商业干部学校和中央商学院。1950年初，中华全国供销合作总社干部学校建立。1953年，中央商业干部学校建立，1958年中华全国供销合作总社干部学校合并到中央商业干部学校。1959年商业部经国务院批准成立中央商学院，1960年更名为北京商学院，中央商业干部学校与北京商学院合并。1969年北京商学院因“文化大革命”停办，1978年经国务院批准恢复招生。

北京轻工业学院

北京轻工业学院创建于1958年，先后隶属国家轻工业部和中国轻工总会，是中国成立最早的轻工业高等院校之一。1958年和1960年，天津纸浆造纸学院筹备处和轻工业部干部学校先后并入。1970年迁入陕西省咸阳市，1978年经国务院批准在北京原址重建。

机械工业管理干部学院

1982年，机械工业管理干部学院成立，隶属于机械工业部，主要是面向机械工业行业培养管理干部。

合并发展

1999年6月，经教育部批准，北京工商大学由北京轻工业学院与北京商学院合并，机械工业管理干部学院并入组建而成。2003年8月，经国务院学位委员会批准，学校成为联合培养博士研究生单位，翌年起与中央财经大学联合招收和培养会计学专业博士研究生。2004年，良乡校区建成并投入使用，首批7000余名学生入驻，一期工程分为教学科研区和学生生活区，由16栋教学楼、10栋学生公寓和3栋综合楼组成。2007年6月，学校接受教育部全国普通高校本科教学工作水平评估。于次年3月获得本科教学工作评估优秀。2008年10月，学校正式成为中国金融学年会理事单位。2011年，北京工商大学经济学院发起全国区域金融论坛。

2012年12月，学校食品（含保健食品）添加剂与安全成为“服务国家特殊需求博士人才培养项目”，授予学位学科名称为“食品科学与工程”。2014年9月，“食品科学与工程”学科获批新设博士后科研流动站。同年，食品科学与工程专业、食品质量与安全专业入选国家第一批“卓越农林人才教育培养计划”，被批准为拔尖创新型农林人才培养模式改革试点项目。同年12月，学校获批成为承担来华留学生中国政府奖学金生培养任务院校。

2016年6月，北京工商大学与天津财经大学、河北大学合作成立京津冀商科类协同创新联盟。2017年5月，学校入选北京市深化创新创业教育改革示范高校。同年，良乡校区二期新建工程开工筹建。2018年5月，学校成为博士学位授予单位，应用经济学、食品科学与工程获批一级学科博士学位授权点。2019年5月，学校入选北京高校高精尖学科建设项目。同年9月，“应用经济学”学科获批新设博士后科研流动站。同年12月，北京工商大学数字经济研究院成立。

2020年，学校被确定为北京市重点建设的高水平研究型大学。同年7月，北京工商大学系统科学研究院成立。2021年11月，学校系统科学、轻工技术与工程、工商管理3个学科成功获批一级学科博士学位授权点，至此，学校博士学位授权一级学科已达5个。

2023年1月，北京工商大学数字未来中心揭牌成立。11月，“系统科学”“轻工技术与工程”“工商管理学”3个学科获批新设博士后科研流动站。

2024年3月，北京工商大学与中国气象局签署战略合作协议，双方将在农产品气候品质研究、金融气象服务科技、人工智能气象服务领域融合应用、气象新媒体信息传播研究与应用等方面开展协同研究和攻关，共建“政产学研用”高效融合的科技创新平台，积极开展学科建设和人才培养。11月，北京市已建设的14个市属高校新兴交叉学科平台，包括北京工商大学的数字商学交叉学科平台。12月22日，北京工商大学化妆品智慧监管研究中心揭牌仪式在北京举行。

2025年4月13日，北京工商大学与爱尔兰国立考克大学签署全面深化合作意向书。

2025年5月12日，中国日报社与北京工商大学在北京签署国际传播共建合作协议。