根据上述职能，环保局内设2个职能股室：办公室、环境监理（业务）股。

办公室

协助处理局机关日常工作，负责综合性文件起草、会议、文秘、财务、督办、信息、信访、保密、档案、党建、机关安全保卫及行政后勤工作；管理局机关和下属单位人事、劳动工资、职称评聘工作；负责全县环保法律、法规的宣传普及教育工作；等。

环境监理（业务）股

拟定并组织实施全县环境保护中长期规划和年度计划，组织编制环境功能区划；贯彻执行国家和省、市建设项目环境管理的政策、法规；负责监督建设项目环境保护管理的技术标准和技术规范实施；组织制定全县建设项目环境保护管理方面的规定并监督实施；负责建设项目的环境保护报告书（表）及登记表的审批；负责建设项目的工程选址、可行性报告及初步设计中环境保护内容的审查；组织实施建设项目“三同时”的检查验收工作；进行全县环境质量状况调查和环境质量评价，发布全县环境状况公报；负责全县生态环境保护的综合管理，组织编制生态功能区发展规划；负责监督检查全县自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护管理工作；负责组织生态示范区的建设工作和环境优美乡镇的创建工作，监督自然资源开发活动中的环境保护工作；负责全县农村生态环境保护工作；负责全县的废水、废气、废渣、噪声、危险废物、机动车等方面的污染控制工作，搞好工业“三废”的综合利用；组织排污申报登记和排污许可证制度的实施，监督排污费征收工作；负责污染源限期治理和达标排放以及关停并转；组织拟定和实施重点区域的污染防治规划及清洁生产推行的指导工作；组织实施全县污染物总量控制计划，做好污染治理项目的筛选、方案审查、技术论证等工作，并对污染治理项目进行监督管理；组织调查处理重大环境污染事故，负责全县流动污染源污染物的防治管理工作。