上海海事大学交通运输学院作为全国最早创立交通运输工程专业及第一批硕士点院校之一，积累了半个多世纪的人才培养与学科研究的丰厚经验，逐步发展成为我国从事交通运输（水运管理）专业教学与研究的主要基地。

学院学科体系完整，人才培养层次齐全，在校全日制研究生300人，本科生2400人。其中交通运输规划与管理学科于2007年和2008年先后被国家教育部和上海市批准为国家重点（培育）学科和上海市重点学科。物流管理、航运管理专业为国家级特色专业，交通运输、航运管理、物流管理被列为上海市本科教育高地。

2018年10月26日，被教育部遴选为首批“三全育人”综合改革试点院（系）之一。