前身溯源

吴淞商船专科学校

1896年，盛宣怀在上海创办南洋公学。1903年，晚清政府成立商部。1905年，学校改名为商部上海高等实业学堂。1906年，颁布的《商部上海高等学业学堂章程》中计划学堂开设四科，其中就有航海科和轮机科：“本科分科四科，一商业科、二航海科、三轮机科、四电机科。”同年，清政府改商部为农工商部，并增设邮传部主管全国铁路、轮船、邮政、电力四项工作。1907年春，上海高等实业学堂划归邮传部管理，并更名为邮传部上海高等实业学堂。1909年7月，船政科成立，中国高等航海教育正式启航。

1911年招生时，有3000多人报名，并把原船政科船政二班、三班29名学生转入该校。1912年3月，民国政府交通部任命原清末筹备海军大臣、海军提督萨镇冰为吴淞商船学校校长。1912年9月，学校易名为交通部吴淞商船学校，1914年更名为交通部吴淞商船专门学校。

1915年，吴淞商船学校奉民国政府之命停办，全部校舍、实习船及书籍、仪器等由海军部接收，开办海军学校。名为吴淞海军学校，为烟台海军学校毕业生专修专门课。1921年吴淞海军学校停办。1928年，国民政府交通部决定收回吴淞商船学校校舍，筹备恢复吴淞商船学校，以船钞附捐作为该校经费。1929年9月1日，吴淞商船学校正式复校，定校名为交通部吴淞商船学校，校长由交通部部长王伯群兼任，杨志雄任副校长，主持日常校务。10月8日，吴淞商船专科学校正式开学。学校于1929年秋复校时仅设驾驶科，招收高中毕业生入学。1930年秋，又开设轮机科， 并建造实习工厂。

1932年，“一·二八”事变，吴淞商船专科学校校舍被日军轰炸，学校在上海市内租屋上课。1933年春， 吴淞校舍修复上课， 并获准附设职业学校。商船职业学校设驾驶、轮机两科，招收十七岁以下的初中毕业生。商船专科学校也设置驾驶、轮机两科，招收二十岁以下的高中和商船职业学校的毕业生。两校名义上虽系分设，而实质上则属于一体，训练办法相同，课程互相衔接。1937年，日寇入侵中国，抗日战争爆发，在“八·一三”淞沪战役中，吴淞商船专科学校校舍被侵略炮火摧毁，学校被迫停办。

1939年6月，因战火内迁重庆，国民政府国防最高会议教育专门委员会决定在重庆恢复吴淞商船专科学校，改称“国立重庆商船专科学校”，隶属于教育部。1942年秋，国立重庆商船专科学校新校舍在溉澜溪落成。1943年，国立重庆商船专科学校并入国立交通大学（重庆总部）。1945年抗日战争胜利后，应原吴淞商船学校校友的要求和社会各界的呼吁，国民政府教育部决定于上海恢复吴淞商船专科学校，校名为国立吴淞商船专科学校。1946年10月，国立吴淞商船专科学校在上海东长治路505号（原雷士德工学院旧址）正式开学。学校经三度停办终在上海再次复校。交通大学代管的航海、轮机两科复归于吴淞商船专科学校。

上海航务学院

1950年， 根据华东军政委员会教育部和中央人民政府交通部命令，吴淞商船专科学校与交通大学航业管理系合并，改校名为“国立上海航务学院”。交大航业管理系的教授两名，讲师一名，助教一名和一至三年级的学生均并入航务学院。1953年，由上海航务学院、东北航海学院、福建航海专科学校合并成立大连海运学院（现大连海事大学）。

上海海运学院

1958年，交通部决定在上海恢复上海航务学院建制，遂委托上海海运局负责教室校舍等基础设施筹建工作。同年9月，上海海运局、上海船舶修造厂联合备文请示交通部，建议在1959年筹建上海海运学院。9月27日，交通部正式下文，同意在上海筹建上海海运学院及附属中等技术学校。1959年7月，上海海运学院正式成立，共招生83人，设一个海洋船舶驾驶班，两个轮机管理班。1959年入学的新生暂借位于中山东一路17号（今美国友邦保险公司大楼）部分楼面作教学场所及学生宿舍，行政人员借用中山东一路23号（今中国银行大楼）部分楼面作办公场所。1959年10月，学校第一幢教学大楼在稻田里破土动工，全体师生员工参加工地劳动。

成型发展

上海海事大学

2002年，洋山深水港、东海大桥、临港新城开工建设，通过围海造田形成了上海最年轻的陆地。2003年11月，临港新城管委会挂牌成立。为支持上海国际航运中心建设和临港新城开发，同时进一步扩展学校发展空间，上海市委、市政府决定上海海事大学学校主体搬迁至临港新城。2004年5月，学校更名为上海海事大学；11月19日，上海海事大学在临港新城举行新校区建设开工典礼。2009年9月30日，题写“吴淞商船精神永恒”的吴淞商船纪念碑落成典礼在临港校区举行，以更好传承“爱国、坚毅、严谨、务实”的“吴淞商船精神”。

2011年9月，学校入选教育部第二批卓越工程师教育培养计划高校。2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生。2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。2013年1月，上海海事大学东明路校区暨上海高级国际航运学院揭牌成立。6月，被教育部评为“2012-2013年度全国毕业生就业典型经验高校”。2014年5月，上海海事大学研究生院成立。2015年，“忠信笃敬”校训写入上海海事大学章程。

2016年12月，国际海事（中国）研究中心和联合国国际海事组织（imo）亚洲海事技术合作中心（mtccasia）落户学校，全球航运智库联盟、中国物流高校联盟由学校发起成立。2017年10月，学校被认定为上海市首批深化创新创业教育改革示范高校。11月，学校成为首批国际项目经理（ipmp）人才培养基地。2018年3月，学校通过《上海海事大学临港校区道路命名方案》，把船政、吴淞、海运、海事等校名，以及唐文治、张謇、萨镇冰、王伯群等校史人物融入到了道路命名之中。2024年1月20日，上海海事大学国家海洋研究院和国家高端航运服务研究院成立。

2025年3月31日，上海海事大学与国家气象中心战略合作签约仪式举行。4月8日消息，上海海事大学与兴通海运股份有限公司签署校企合作协议。4月25日，山东远洋与上海海事大学在青举行产教融合基地签约暨揭牌仪式。