广州市善行生物科技有限公司下设多家分支机构，截至2025年共有24家分公司。部分分公司信息如下：

新港分公司：成立于2009年12月03日，主营租赁和商务服务业，处于在营状态；

晴云分公司：成立于2014年09月24日，2014年至2025年间注销；

番禺分公司：成立于2016年11月09日，目前处于注销状态；

广州大道南分公司：成立于2011年9月30日，存续至2025年；

芳草分公司：成立于2011年9月20日，企业类型为有限责任公司分公司（自然人投资或控股）。