水资源

商州区境内水质多属低矿化重碳酸钙型，污染少，水色清亮，宜于人畜饮用和工农业生产使用。全区地表水年产约5·7亿立方米，枯水年产约3·5亿立方米，河流落差较大，水能蕴藏量3·4万千瓦。

土壤资源

商州区山地棕壤面积112·83万亩，主要是森林土壤，分布于秦岭、流岭、蟒岭山系1300米以上的山地。石碴土面积216·44万亩，包括粗骨性棕壤、黄棕壤、粗骨性褐土，面积大，分布广，是境内主要农业土壤。黄瓣土面积19·78万亩，主要分布于丹江河谷及大荆、腰市等地的坡源地，是耕地中的低产土壤。黑瓣土面积17·49万亩，分布于丹江沿岸村庄周围，土层深厚，肥力高。红砂土面积3·71万亩，分布于丹江北部丘陵地带，系红色砂砾石发育而成，土层薄，质地粗，肥力差，怕早怕涝，属低产土壤。黄墡土面积2·65万亩，分布于丹江两岸坡地及一些残梁上部，土层深厚，但有机含量差。红胶土（俗称胶泥土）面积2·37万亩，分布于丹江北部以及大荆、腰市等丘陵地带，质地粘重，肥力较低，适耕性差，是亟需改良的低产土壤之一。淤泥沙土面积2·14万亩，分布于丹江及其支流两岸，含泥量较多，熟土层较厚，肥力较高，为优良耕作土壤。

植物资源

商州区境内有植物1079种，有利用价值的750余种，以暖温带为主，兼及亚热带种类。海拔1200米以上广大山区为油松、白皮松、华山松、红桦、栎类等用材林所覆盖；海拔1200米以下的河谷及两侧坡塬和山地为经济林适生区。野生气药材有140余种，是陕西省天麻、二花、五味子传统产地。

动物资源

商州区野生动物有50余种，其中国家一、二、三类保护动物有金钱豹、羚羊、猫头鹰、大鲵、水獭、梅花鹿、黑熊等。

矿产资源

商州区境内查明的矿产有21种，产地65处，其中金属矿产有铁、锰、铜、铝、锌、锑、钨、钼、金、银10种，产地42处；非金属矿产有煤、萤石、石灰岩、白云岩、大理石、花岗石、石膏、黄铁矿、透闪石、蛭石、粘土11种，产地23处。商州矿产资源中，非金属矿产占绝对优势；非金属矿产中，建筑材料用矿占绝对优势。境内储量大，具有开采利用价值的矿产有:铜矿，主要是两水寺和三十里铺矿点，矿石储量26·08万吨，金属储量2437·27吨；铅锌矿，主要有铁炉子道岔沟矿床和龙王庙银厂沟矿点，道岔沟矿床铅锌金属储量78·16万吨，金532·5公斤，银56·7吨，硫6·7万吨，属中型工业矿床；萤石矿，主体分布于松树嘴、麻池河赤水峪一带；石灰岩，主要有金陵寺水泥灰岩和大赵峪灰岩，储量约500万吨；大理石、花岗石探明的有21个品种，主要分布于黑山至杨斜、大荆至腰市、北宽坪等地，地质初探圈定矿体可采储量2100万立方米；透闪石矿，位于韩子坪，已圈定7个矿体，储量500万吨；蛭石矿，位于杨斜至管坪一带，矿带长度3000多米，厚度1—2米。