2021年1月，“上海上港集团足球俱乐部有限公司”更名为“上海海港足球俱乐部有限公司”，此举引发争议。一方面，“上海海港”简称仍可为“上港”，与原名相似；另一方面，上港集团内部刊物名为“上海海港报”，虽足协规定俱乐部名不得含股东等相关名称，但内部刊物名不受此限。

2025年1月，由于在12月3日主场与光州fc的比赛中多人违规，亚足联对上海海港俱乐部处以3500美元的罚款。

2025年5月8日，中足联官方发布处罚决定：中超联赛第11轮上海海港队未按规定时间离开休息室进入比赛场地，导致下半场比赛开球时间严重延误，罚款人民币4万元。