1952年始建，医院原名为北京苏联红十字医院，是在苏联政府和苏联红十字会援助下，由中国政府建立的第一所大医院。

1954年，医院从甘水桥旧址迁入现址。

1957年3月，苏联政府将医院正式移交。

1970年，周总理亲自为医院定名为“北京友谊医院”。

2003年9月10日，由北京市友谊医院消化内科张田教授联合普外科张忠涛教授、肝病中心贾继东教授成立的北京市消化疾病中心在北京友谊医院正式挂牌，这是国内首家多学科联合的消化疾病诊疗中心。

2014年10月23日，科技部、国家卫生计生委、总后勤部卫生部认定首都医科大学附属北京友谊医院为国家消化系统疾病临床医学研究中心。

2016年4月8日，平谷区政府、北京市医院管理中心与北京友谊医院正式签订协议委托北京友谊医院管理平谷区医院，率先实践“区办市管”模式。

2018年12月22日，为落实新版北京城市总体规划，实现优质医疗资源扩容，北京友谊医院 (通州院区)开诊。这是通州区首个三甲综合医院。

医院先后于2017年4月和2019年6月启动了医药分开综合改革和医耗联动综合改革，坚持“医疗改革与提升医疗技术质量相结合、与改善患者就医感受相结合”。2019年7月，顺义院区主体建设项目开工建设。同年12月，通州院区二期工程开工建设。

2020年10月10日，被北京市医保局确定为第二批开通京津冀异地就医普通门（急）诊直接结算业务试点定点医疗机构。

2024年，友谊医院顺义院区将竣工投用。

2024年4月26日，北京友谊医院顺义院区开诊运行。

2024年12月，友谊医院在顺义院区成立胃食管反流病外科诊疗中心。

2024年12月，首都医科大学附属北京友谊医院计划建立全国首个“文医融合”协同创新平台，并与中国人民大学和辉瑞（北京）研究开发有限公司签署合作协议，旨在提升医疗服务质量和科研创新能力。

2025年3月31日，北京友谊医院医学数智创新中心揭牌。4月25日，北京友谊医院成立肥胖症诊疗与体重管理中心。5月12日，保定市第二中心医院与首都医科大学附属北京友谊医院、天津中医药大学第二附属医院签署《京津冀协同发展医联体合作框架协议》。