1955年，学院创建于泰安，名为“山东省泰安畜牧兽医技术训练学校”，负责培训全省农村初级畜牧兽医人才。

1956年5月，经中央农业部批准，更名为“山东省泰安畜牧兽医学校”，设置动物饲养和兽医两个专业。

1958年8月，经山东省委、省人委批准，改为高等学校，名为“泰安畜牧兽医学校”；9月，山东省人委决定将学校更名为“山东畜牧兽医学院”，设畜牧、兽医两个系；9月27日，山东省人委下达“关于成立山东农业大学的通知”，决定将牧院及农学院、林学院、泰安农专、泰安水校等合并成立综合性大学。

1959年7月，山东省农业厅根据省委和厅党组决定，将“山东农业大学”（此时已改称山东农学院）附设之畜牧、林业中专部各自单独分出，恢复“山东省泰安畜牧兽医学校”；11月，学校被山东省高教局列为全省17处重点中等专业学校之一。

1960年9月，学校迁来潍坊市现址，并更名为“山东省潍坊畜牧兽医学校”。

1972年3月，学校更名为“山东省畜牧兽医学校”。

1981年7月，经山东省计划委员会批准，在学校建立山东省农业技工学校。

2002年4月，学校晋升为高职院校，定名为“山东畜牧兽医职业学院”。

2003年，学院被农业部确定为农业职业教育能力建设计划试点院校。

2009年，学院被命名为山东省（首批）大学生创业教育示范院校。

2010年，学院被确定为山东省示范高职院校、国家骨干高职院校。

2016年8月，入选第二批国家现代学徒制试点单位。

2017年9月26日，学校被评为第一批山东省优质高等职业院校建设工程立项建设单位。

2019年10月，通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收；12月，被教育部、财政部列入第三类高水平专业群建设单位（b档）。

2020年11月，担任中国休闲农业产教联盟第一届联盟理事单位。

2021年，入选教育部第二批国家级职业教育教师教学创新团队立项建设单位名单。

2023年12月12日，山东畜牧兽医职业学院畜禽良种繁育中心揭牌。

2023年9月15日，山东畜牧兽医职业学院应急指挥中心揭牌成立；10月28日，牵头成立全国农牧行业产教融合共同体。