系所设置

根据2016年9月统计，基础医学院设有10个学系：人体解剖与组织胚胎学系、生理与病理生理学系、生物化学与分子生物学系、医学免疫学系、病原生物学系、病理学系、药理学系、医学遗传学系、细胞与神经生物学系、医学心理学与伦理学系。

此外，基础医学院设有医学实验教学中心，下设6个教学实验室：人体解剖学教学实验室、医学形态学教学实验室（含电镜室）、医学机能学教学实验室、细胞与分子医学实验教学平台、生物医学工程学实验中心（在线考试中心）、生物医学同位素研究中心。

师资队伍

根据2016年9月统计，基础医学院教职工总数242人，其中教授43人，副教授75人。

教师中有中国工程院院士3人，国家杰出青年基金获得者6人，国家百千万人才工程入选者4人，山东省“泰山学者”岗位特聘教授 （专家）21人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者15人。

教学方面，基础医学院和临床医学院共有国家级教学名师2位，省级教学名师3位，校级教学名师5位；国家级教学团队2个，省级教学团队2个。

中组部万人计划入选者：马春红

国家杰出青年基金获得者：龚瑶琴、马春红、易凡、高成江

山东省泰山学者特聘教授：高成江、魏光伟、高鹏

山东省泰山学者海外特聘专家：徐大为

教育部新世纪优秀人才：郝爱军、刘传勇、马春红、于晓、易凡、高鹏、李相芝

山东省自然科学杰出青年基金获得者：郝爱军、刘传勇、易凡、马春红、于晓、赵伟、孙金鹏

国家级教学名师：高英茂、于修平

山东省教学名师：刘树伟

国家级教学团队：人体解剖与组织胚胎学教学团队、医学基础实验课程教学团队

省级教学团队：病理学教学团队

教学用房

根据2015年学院本科教学质量报告，基础医学院和临床医学院共有教学、行政和辅助用房17773·95平方米，其中用于本科生实验教学的实验室面积为7039·25平方米。

图书设备

根据2015年学院本科教学质量报告，基础医学院和临床医学院用于教学科研的仪器设备资产总值约为 1·63亿元， 30 万元以上的大型仪器设备有49台。