2000年7月22日，山东医科大学、山东大学和山东工业大学合并组建新山东大学。三校教务、招生部门合并，分别组建山东大学教务处和本科生招生办公室。

2004年，山东大学撤销本科教学评优办公室，成立本科教学评估办公室，由教务处处长兼主任，负责开展教学评估、教师培训、教学技术支撑等工作。

2011年，本科教学评估办公室改组为山东大学教学促进与教师发展中心，仍由教务处处长兼主任，担负师资培训、教学评估、课程建设和教学技术支撑四项功能。

2010年11月17日，山东大学泰山学堂成立。这是一个培养基础学科拔尖创新人才的跨学院、跨学科本科教学机构。

2012年5月，在山东大学第二轮大部制改革中，教务处、本科招生办公室、教学促进与教师发展中心、泰山学堂（暨特殊人才培养办公室）合并组建本科生院。

2014年6月，山东大学本科招生办公室在学校第二轮“三定”工作中从本科生院独立。