另，协会设有名誉会长、常务副秘书长、副秘书长，其是协会成员大会聘任的。

会员大会

这是本会最高权力机构；每年召开全体会员参加的会员大会暨学术年会。

理事会

会员大会民主选举产生理事，组成理事会。这是会员大会的执行机构和常设机构，理事会由39所学校组成，理事学校校长代表学校出席理事会，具有表决权。理事任期三年，可连选连任。

监事会

会员大会民主选举产生监事，组成监事会。这是本会的监督机构和常设机构，监事会由15所学校组成，监事学校校长代表学校出席监事会，具有表决权。监事任期三年，可连选连任。

常务理事会

是本会的常设机构，由10人组成，其中会长1人，副会长8人，监事会主席1人。

工作部部长

理事会、监事会之下设有老校长工作部、德育工作部、教学工作部、信息工作部、后勤工作部、初中工作部。

各工作部部长由理事会议选出。各工作部与协会同步，每三年换届。副部长、秘书长由工作部会员大会选举产生，任期三年。各工作部由部务委员讨论形成一年的工作计划，并按计划开展工作。各工作部在协会秘书处的指导下工作，所要开展的各种活动须事先报协会秘书处备案。

秘书处

是协会的办事机构和管理机构。秘书处的工作人员包括秘书长、副秘书长、办公室主任、财务人员、各工作部部长、各工作部副部长等，秘书处在秘书长的领导下开展工作。

协会现设名誉会长、常务副秘书长，设秘书长、副秘书长各1人。

教育专家组

是本会的学术机构和咨询机构。由现职和刚退休的在四川省有影响的和取得卓越办学成就的校长组成。教育专家实行一届一聘制。本届理事会的教育专家组由28人组成。