雅安校区学生社团联合会现设有团工委组织部、团工委宣传部、办公室、活动部、评定部、外联部六大直属部门，其中团工委组织部、团工委宣传部隶属于学生社团团工委。雅安校区现下属有83个正常运行的学生社团，学生社团团总支现下属有83个团支部。在校（雅安校区）注册会员5 000余人。

成都校区学生社团联合会成立于2010年，现由团工委组织部、团工委宣传部、办公室、活动部、评定部、外联部在内的六大直属部门与78个正常运转的学生社团组成，以社团为核心，部门协助、管理辅之，社联以其轻松、活跃而严谨、认真的工作方式成为四川农业大学成都校区一道靓丽的风景线。在校（成都校区）注册会员8600余人。

都江堰校区学生社团联合会现设有团工委组织部、团工委宣传部、办公室、活动部四大直属部门，其中团工委组织部、团工委宣传部都隶属于学生社团团工委。都江堰校区现下属有53个正常运行的学生社团，学生社团团总支现下属有53个团支部。在校（都江堰校区）注册会员5000余人。