前身溯源

合并组建

1927年8月，四川公立农业专门学校与四川的法政、国学、工业、外国语等专门学校合并改组为公立四川大学。原5所专门学校，分别改为川大的5个学院，由五院学长（即院长）组成“大学委员会”，共同代行校长职权。1931年11月9日，公立四川大学与国立成都大学、国立成都师范大学合并，建立“国立四川大学”。在国立大学组建过程中，农学院独立建校，1935年7月，教育部制定了四川各大学院校整理办法。1955年6月8日，四川大学成立了农学院建院筹备委员会，拉开独立建院序幕。

1956年9月1日，四川大学农学院迁雅安独立建校，定名为四川农学院。初由高等教育部主管，首任院长杨开渠。1959年，学校开始招收水稻栽培、兽医产科、玉米育种、家畜饲养和家禽育种专业三年制硕士研究生。

合并发展

1989年，在时任所长杨凤的带领下，动物营养与饲料科学被批准为本学科唯一的国家重点学科。

1991年批准设立博士后科研流动站。1993年，学校党委被表彰为全国先进基层党组织，此后于2001年、2006年再获殊荣。1999年6月14日，经国家发展计划委员会批复，同意学校作为“211工程”项目院校，在“九五”期间进行建设。自此学校正式进入首批“211工程”重点建设高校行列。

2001年4月，原四川省林业学校整体并入四川农大，成为川农大都江堰分校。2005年学校被确定为全国援疆学科建设计划40所重点高校之一。2009年4月，学校隆重召开“211工程”双支计划（即学术支撑人才的专项科研支持计划）启动大会。学校在当年投入近1200万，对申报双支计划各层次、创新团队、面上专项及科研成果后补助的个人和团队进行资助。

2010年10月10日，成都校区启用典礼举行，11月，学校升格都江堰校区三个学院的机构建制，学校“一校三区”布局结构正式形成。2012年5月，学校正式启动校内“2011计划”，成立粮食生产类、动物健康养殖类两个协同创新中心。四川农业大学新农村发展研究院于2012年4月教育部、科技部正式发文批准成立，同年7月11日，时任国务院副总理刘延东同志为学校授牌，成为全国首批试点建设的10所高校之一。

新的阶段

2017年9月21日，教育部、财政部、国家发展改革委印发《关于公布世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单的通知》，学校成功入选一流学科建设高校，这是继入选“211工程”建设高校后又一新的里程碑，也为学校未来发展指明了奋斗方向。同年，学校颁布了《国际化办学推进计划（试行）》，明确提出每年将拿出1000万专项经费推进国际化办学。“动物营养与饲养科学学科创新引智基地”入选全国第二批地方高校“高等院校学科创新引智计划”，成为四川省首个获批“111计划”的地方高校。此后，“作物学学科创新引智基地”成功入选。

2018年6月，学校加入“一带一路南南合作农业教育科技创新联盟”。2019年12月，教育部与四川省人民政府在成都签署《共建四川大学等8所“双一流”建设高校协议》，双方将共同推进四川农业大学世界一流学科建设。

2020年2月，学校科研成果“玉米大豆带状复合种植技术”写入2020年中央一号文件，要求大力推广。4月，学校林学院申报的“国家林业草原红豆杉西南工程技术研究中心”获批认定组建，该中心是四川省获批组建的第一个国家林业草原工程技术研究中心。5月，学校与西南大学签署合作协议，共建6个重大创新平台，成立成渝乡村振兴学院（成都）。同年，学校成功入选四川省首批“三全育人”综合改革试点高校，以“十大育人工程”构建川农大特色育人格局。

2021年1月，科技部发文，正式批准学校西南作物基因资源发掘与利用实验室为省部共建国家重点实验室。这是四川在农业领域的首个国家重点实验室；同月，学校与四川省天府新区签署协议，共建天府新区乡村振兴研究院。8月，学校首次获批国家自然科学基金创新研究群体。

2022年1月，四川农业大学与雅安市人民政府、四川省农业农村厅、四川省科学技术厅、四川省农业科学院五方签署协议，共建雅安国家现代农业产业科技创新中心；2月，四川农业大学入选第二轮“双一流”。6月，教育部公布了2021年度国家级和省级一流本科专业建设点名单，四川农业大学再获批增加20个国家和省级一流本科专业建设点；至此，学校共有48个专业进入一流本科专业建设“双万计划”。7月，四川农业大学牵头申报的四川省社会科学重点研究基地“西部乡村振兴研究中心”挂牌成立；同月，四川农业大学与大北农集团共建现代产业学院，与中国电信四川分公司共建智慧农业创新实验室。8月，学校与都江堰人民政府共同签署了助力乡村振兴战略合作框架协议。9月，学校入选首批国家级创新创业教育实践基地。

2023年7月，学校与资阳市、五粮液集团签署战略合作协议。11月16日，四川农业大学召开国际化办学推进大会暨“粮食安全”教育科技创新联盟成立大会，成立“粮食安全”教育科技创新联盟与“天府农业”国际研究院。2024年，学校荣获“全国五一劳动奖状”。

2025年1月9日，四川农业大学欧美同学会（四川农业大学留学人员联谊会）成立。