根据上述职责，市商务局内设5个科级职能机构：

办公室

起草和审核有关综合性文件和重要报告；负责机关日常工作及后勤行政事务管理；负责局机关人事管理、离退休人员服务工作，所属事业单位及贸易行业非公有制、集体企业党组织工作；负责信访工作。

外商投资管理科

（招商科、行政审批办公室）

执行国家外商投资政策，分析、研究本市外商投资的情况，负责全市外资企业的管理服务，协调解决有关问题；指导和管理全市外商投资企业审批工作；负责指导本市经济合作项目和外商投资方面的技术交流与合作；负责全市对外承包工程、劳务合作、设计、咨询项目的对外劳务工作；联系协调外商投资企业协会工作。

制定和实施全市招商引资中长期规划与年度工作计划；组织实施国内经济合作交流活动及商务活动；统计、评估、分析全市招商引资情况；策划、组织、牵头和协调全市性重大招商引资活动；研究建立招商引资激励机制，牵头组织和实施全市招商引资奖励工作；组织实施全市招商引资业务和人员培训；负责相关的经济协作联络，联系和统计有关的办事处和分支机构以及商会、企业和行业协会。

负责受理本单位行政审批事项；按授权办理行政审批事项，送达行政审批决定。

贸易科

执行国家进出口商品管理办法和有关国内贸易的政策；负责对全市内外贸行业进行行业指导；指导本市出口产品生产基地的建设，对外贸易市场开拓工作；拟定本市健全、规范市场体系的规章；指导全市商业体系建设；按有关规定负责对典当、直销网点、加油站设立的初审和年审工作；拟定连锁经营、物流配送等现代流通方式的发展规划并组织实施；组织开拓城乡市场；监测分析市场运行和重要商品供求状况并组织调控；承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作；负责市场预测、预警和信息发布，提出调控建议；承担市场体系有关统计工作。

服务业发展科

执行国家服务业、服务贸易发展方针政策；组织拟定全市服务业和服务贸易发展规划和政策措施；指导社区商业发展、流通领域节能降耗工作；负责家政服务行业的管理；对本市美容美发业、洗染行业进行指导、协调、监督和管理；承担服务业有关统计工作。

市场管理科

负责协调重要消费品储备的市场调控和管理工作；负责报废汽车企业管理；加强对二手车市场及经营主体的监督检查；按有关规定对拍卖、典当和成品油流通领域进行监督管理；拟定本市生猪屠宰行业设置规划，经批准后组织实施；按规定规范屠宰厂建设；制定再生资源回收行业发展规划和建设标准，经批准后组织实施；负责组织协调相关的专项市场秩序联合整治行动；负责全市酒类行业管理，行使统筹、指导、协调、监督、服务职能。