办学源头

万县师范专科学校的前身为创办于1956年的四川省万县初中师资训练班。学校于1958年更名为万县大学；1959年更名为万县专科学校；1977年时为万县地区教育行政干部学校高师班；1978年转设为万县师范专科学校。

万县教育学院的前身为创办于1958年的万县专（地）区教育行政干部学校。学校于1979年更名为万县地区教师进修学校；1984年更名为万县教育学院。

重庆三峡经济学校的前身为万县地区经委干训班。学校在1984至1996年时期为万县地区交干部学校、万县地区工交职工中专学校；1996年更名为四川省万县市经济学校；1998年更名为重庆三峡经济学校。

合并时期

1993年1月10日，“三峡大学”筹备组”在万县师范专科学校挂牌。1993年10月，原万县师范专科学校和万县教育学院完成了实质性的合并。1994年3月，万县师范专科学校、万县教育学院合并组建为四川三峡学院，并升格为本科院校。

2000年2月，四川三峡学院更名为重庆三峡学院。2003年3月，重庆三峡经济学校并入重庆三峡学院。2013年7月，重庆三峡学院被批准为硕士学位授予单位。2014年9月，重庆三峡学院入选第一批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目名单。

2018年11月，重庆三峡学院与北京理工大学联合开办三峡人工智能学院；与政府、企业等单位共同组建重庆绿色生态工程学院。2019年7月4日，该校成为三峡库区高校科学技术协会联盟成员。

2020年6月，发起成立万达开川渝统筹发展示范区高校联盟并当选副理事长单位。7月2日，加入成渝地区双城经济圈高校艺术联盟。

2020年7月27日，重庆三峡农业科学院划转到重庆三峡学院。

2024年7月15日，重庆市教委官网发布《关于高等学校设置事项的公示》，根据《中华人民共和国高等教育法》《普通高等学校设置暂行条例》《普通本科学校设置暂行规定》等有关规定，经重庆市第六届高等学校设置评议委员会专家考察和评议，重庆三峡学院拟更名为重庆三峡科技大学。