综合管理办公室：负责机构内外日常事务及综合管理，包括党建群建、组织人事、财务管理、行政后勤、安全稳定等。

科技发展研究中心：负责机构科研工作的整体规划与组织协调；科研项目的过程管理与支持服务；科研成果的转换开发与宣传推广。

战略规划研究室：主要职能：围绕科技创新战略与规划，为各级各类公共部门、科技园区、创新创业主体提供富有思想性、建设性的决策咨询方案。研究方向：主要研究科技与经济、社会发展中的重大战略问题，紧密跟踪oecd、欧美、韩国等创新战略发展动态及国内新动向 ，聚焦全球创新网络、创新生态系统、创新型经济与创新治理等领域，进行多学科的前瞻性、综合性研究。全面开展创新战略与规划的方法论、区域经济科技发展战略与政策、城市科技创新与城市功能融合发展，以及科技园区的发展研究等，以研究带动咨询，有力支撑决策需求。

创新政策研究室：主要职能：围绕科技体制改革与政府职能转变的决策需求，为提升科技创新政策法规体系效能提供研究支撑。研究方向：跟踪国际科技创新政策前沿与实践发展动态，开展基于政策科学和科技创新政策特色的理论体系研究。开展科技创新政策法规体系与重点政策监测与评估研究。围绕科技成果转移转化、科技创新财税政策、创新创业与人才、科技立法等重点领域开展决策咨询研究。开展重点领域和重要科技创新指标的统计与监测研究。

产业创新研究室：主要职能：围绕科技进步大方向和产业变革大趋势，推进技术预见和路线图研究，为政府部门、企业和大学院所等创新主体提供支撑科技创新的决策咨询。研究方向：研究中长期经济社会发展的科技需求，跟踪分国内外科技发展动态，立足上海开展面向区域发展的关键技术选择、重点领域和产业科技发展趋势及特点研究、科技创新重大专项的选题研究、产业技术路线图和产业技术创新地图等研究，为“围绕产业链部署创新链、围绕创新链配置资金链、优化服务链”的全流程科技管理提供基础支持，为科技创新规划计划和重大科技项目或工程的战略部署提供前期论证和中期推进支持。研究产业技术创新与产业组织，包括高新技术与特色产业集群发展等，为创新主体提供产业创新发展的咨询服务。

以上资料来源：上海市科学学研究所官方网站