办公室

负责文电、会务、督查、信息、宣传、机要、保密、档案、信访、值班、安全等机关日常运转工作，承担政府信息和政务公开、调研、网络安全与信息化、综合性文稿起草和建议提案办理等工作。负责督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。

党建办公室（挂人事科牌子）

负责局机关和直属单位党的建设和群团等工作。负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理、社会保障等工作，组织指导全市水利系统人才队伍建设工作，参与拟定全市水利人才发展政策、规划并组织实施。负责考核相关工作。组织、指导水利系统对外交流合作、引进国（境）外智力工作。负责离退休干部服务工作。

财务科

编制市级水利部门预决算。提出水利财政预算资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。承担市级水利资金以及水利国有资产监督管理工作，协调有关水利价格、税费、基金、信贷等事宜。负责局机关财务管理工作，指导、监督局直属单位财务管理等工作。负责部门内部审计工作。

规划建设与水旱灾害防御科

负责水利规划建设等工作；负责水利基本建设项目的监督检查，承担水利建设市场的监督管理工作，指导水利建设市场信用体系建设；负责水利工程运行管理等相关工作；负责水旱灾害防御等相关工作。

农村水利与水库移民科（挂水资源管理科牌子）

负责农村水利与水库移民等相关工作；负责做好大中型水利水电工程移民安置工作的管理和监督，配合大中型水利水电工程移民安置规划大纲和移民安置规划的审核工作，配合实施水利水电工程移民安置验收、监督评估等制度，组织开展新增水库移民后期扶持人口核定相关工作，负责大中型水库移民管理和后期扶持工作；负责水资源管理等相关工作；负责水利科技创新工作；负责水资源有偿使用工作

河湖管理与水政监督科

负责河湖管理等相关工作；负责协调河长制湖长制各成员单位按照职责分工落实责任，对全市河长制湖长制推进落实情况进行调度督导、检查考核；负责水利政策法规与监督等相关工作；负责水利安全生产综合监督管理，组织指导水库大坝、农村水电站的安全监管。

安全生产监督管理科

组织指导水库大坝等水利工程的安全鉴定等安全管理工作；组织实施水利工程安全生产监督；指导全市水利行业安全生产工作;负责水利安全生产综合监督管理，组织指导水库大坝、农村水电站的安全监管；组织实施水利工程项目与安全设施同步落实制度，开展水利工程项目安全标准化建设；组织或参与重大水利安全事故的调查处理。